Wilayah hukum Pengadilan Negeri Pekalongan terdiri dari 4 Kecamatan, 46 Desa yang meliputi :

1. Kecamatan Pekalongan Barat terdiri dari 13 Desa ;

2. Kecamatan Pekalongan Timur terdiri dari 13 Desa ;

3. Kecamatan Pekalongan Selatan terdiri dari 11 Desa ;

4. Kecamatan Pekalongan Utara terdiri dari 9 Desa ;

 Gambar : Peta Kota Pekalongan

Sedangkan untuk wilayah Kabupaten Pekalongan yang masih menjadi satu dengan wilayah hukum Pengadilan Negeri Pekalongan, terdiri dari 19 Kecamatan, 282 Desa yang meliputi :  

1. Kecamatan Tirto terdiri dari 16 Desa ;

2. Kecamatan Buaran terdiri dari 10 Desa ;

3. Kecamatan Sragi terdiri dari 17 Desa ;

4. Kecamatan Kedungwuni terdiri dari 18 Desa ;

5. Kecamatan Bojong terdiri dari 22 Desa ;

6. Kecamatan Kajen terdiri dari 25 Desa ;

7. Kecamatan Karanganyar terdiri dari 15 Desa ;

8. Kecamatan Kesesi terdiri dari 22 Desa ;

9. Kecamatan Doro terdiri dari 14 Desa ;

10. Kecamatan Wiradesa terdiri dari 16 Desa ;

11. Kecamatan Talun terdiri dari 10 Desa ;

12. Kecamatan Lebakbarang terdiri dari 11 Desa ;

13. Kecamatan Petungkriyono terdiri dari 9 Desa ;

14. Kecamatan Paninggaran terdiri dari 14 Desa ;

15. Kecamatan Kandangserang terdiri dari 12 Desa ;

16. Kecamatan Siwalan terdiri dari 13 Desa ;

17. Kecamatan Wonopringgo terdiri dari 14 Desa ;

18. Kecamatan Karangdadap terdiri dari 11 Desa ;

19. Kecamatan Wonokerto terdiri dari 11 Desa ;

Gambar : Peta Kabupaten Pekalongan